内设机构
办公室（党委办公室）
主要职能：拟订综合工作制度、年度工作计划；组织起草和审核重要文稿；承担公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、值班值守、国家安全等工作；组织实施政务公开、政府信息公开、税收宣传工作；组织实施督查督办工作，统筹协调配合内、外部监督检查，参与实施“一案双查”工作；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案；组织实施依法行政工作；承担综合性政策文件会办、起草和落实工作，承担规范性文件合法性审查、合规性评估、备案审查、清理等工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；组织办理行政复议、行政诉讼、涉税反补贴案件应对等工作；承担公职律师和法律顾问相关工作；承担内部控制工作的组织、管理和监督；组织实施税收执法责任制、税费种执法督察和监督检查工作；组织实施审计，督促落实督察审计发现问题的整改工作；贯彻落实绩效管理、数字人事和其他考核考评工作；承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作；承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。
税政科
主要职能：组织实施各税种、社会保险费、非税收入和进出口税收的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；承担各税种、社会保险费、非税收入、进出口税收和国际税收具体业务问题的解释和处理；组织落实税收优惠政策；承担增值税发票管理，组织相关信息系统的推广应用及管理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；指导各税种、社会保险费、非税收入和进出口税收的日常管理、日常检查；参与各税种、社会保险费、非税收入、进出口税收和国际税收的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作；承担非居民所得、居民境外所得税收管理等跨境税收管理工作；组织实施企业所得税的季（月）度预征、汇算清缴等工作；组织实施个人所得税源泉扣缴、自行申报、汇算清缴、事后抽查等工作；承担外事管理。
收入核算科
主要职能：研究拟订税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟订税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施；拟订出口退（免）税年度安排，组织落实免抵调库年度安排；统筹协调组织收入工作，开展收入预测分析、预警分析和收入质量管理；承担重点税源监控、企业税收资料调查工作；组织落实会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督；贯彻落实税收经济分析工作制度，承担税收经济分析工作。
纳税服务科（办税服务厅）
主要职能：组织开展纳税服务（含缴费服务，下同）工作；组织实施纳税服务制度和规范；组织开展办税服务和权益保护等工作，承担面向纳税人和缴费人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务；承担税收信用体系建设；承担各项税收、社会保险费和非税收入征收服务等工作；接收、组织办理纳税服务投诉，接收、转交涉税违法举报；落实涉税专业服务监管政策及制度，统筹协调社会化纳税服务。
征收管理科
主要职能：组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体操作办法；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作；承担征管质量监控评价；组织落实信息化规划、方案和制度，实施信息化建设、考核评价和验收工作；承担税务行业标准和业务需求管理；承担信息化立项和预算管理；承担信息数据和风险管理的目标规划、制度规定的实施工作；负责上级税务局下发风险应对任务的整合和推送；承担税收风险管理模型构建、分析识别、任务推送、监控评价结果反馈等工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的管理、质量控制、分析应用、共享交换及税务云平台管理等事项；组织、协调、指导税收数据和风险管理工作。
税源管理一科
主要职能：负责辖区内金融、保险、证券、邮政、通信行业的税收、社会保险费和有关非税收入基础事项管理及其风险应对工作，向纳税人、缴费人提供服务。
税源管理二科
主要职能：负责西坝建设路所辖的税收、社会保险费和有关非税收入基础事项管理及其风险应对工作，向纳税人、缴费人提供服务。
税源管理三科
主要职能：负责三峡坝区左岸所辖的税收、社会保险费和有关非税收入基础事项管理及其风险应对工作，向纳税人、缴费人提供服务。
税源管理四科
主要职能：负责三峡坝区右岸所辖的税收、社会保险费和有关非税收入基础事项管理及其风险应对工作，向纳税人、缴费人提供服务。
财务管理科
主要职能：贯彻落实预决算管理、经费收支、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等规章、制度，拟订具体实施办法；审核汇编部门预算、决算，组织实施部门决算执行和公开工作；组织实施会计核算、会计基础规范工作；组织实施国库集中收付工作，办理具体收付事项；拟订年度采购计划，办理具体采购事项；承担资产的购置、处置和使用管理等工作；承担税务着装管理工作；承担机关财务管理工作；组织实施基建项目管理。
组织人事科
主要职能：组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案；承担人事、机构编制、公务员管理、干部考核等工作；承担工资、人事档案、专业技术职务管理等工作；办理因公因私出国（境）管理事项；拟订并组织实施干部培训、学历教育管理制度、工作规划、年度计划；组织开展教育培训工作；承担老干部服务和管理工作；落实党的组织建设、党员队伍建设等工作。
机关党委（党建工作科）
主要职能：承担党群工作；协助局党委落实全面从严治党主体责任；督促各级党组织落实管党治党责任，统筹和指导本单位党群工作，宣传和执行党的路线方针政策；统筹本单位思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；协调机关工会、共青团、妇委会开展机关群团工作；组织落实巡察工作。
根据有关规定，设置党委纪检组。负责党的纪律检查工作。