内设机构
办公室（党委办公室）
主要职能：承担机关日常运转；承担公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、值班值守、国家安全等工作；组织实施政务公开、政府信息公开、税收宣传工作；组织实施督查督办工作；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案。承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。
法制科
主要职能：组织实施依法行政工作；起草相关税种、社会保险费和有关非税收入综合性政策文件；承担规范性文件合法性审查、合规性评估、备案审查、清理等工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；组织办理行政复议、行政诉讼等事项；组织办理涉税反补贴案件应对工作；承担公职律师和法律顾问相关工作。
货物和劳务税科
主要职能：组织实施增值税、消费税、车辆购置税等和进出口税收的征收管理工作；承担相关税种和进出口税收具体业务问题的解释和处理；组织落实相关税种的税收优惠政策；承担增值税发票管理，组织相关信息系统的推广应用及管理；参与海关特殊监管区域税收管理工作；指导相关税种和进出口税收的日常管理、日常检查；参与相关税种的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
所得税科
主要职能：组织实施企业所得税、个人所得税征收管理工作；承担非居民所得、居民境外所得税收管理等跨境税收管理工作；承担相关税种和国际税收具体业务问题的解释和处理；组织落实相关税种优惠政策；指导相关税种和国际税收的日常管理、日常检查；参与相关税种和国际税收的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作；承担外事管理。
财产和行为税科
主要职能：组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；承担相关税种具体业务问题的解释和处理；指导相关税种的日常管理、日常检查；参与相关税种的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
社会保险费和非税收入科
主要职能：组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和文化事业建设费、教育费附加、地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作；参与有关社会保险费和非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
收入核算科
主要职能：研究拟订税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟订税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施；拟订出口退（免）税年度安排，组织落实免抵调库年度安排；组织实施税收收入预测分析、和重点税源监控管理工作；组织落实会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督。
纳税服务科
主要职能：组织开展纳税服务工作；组织开展税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作；承担办税服务厅、纳税服务热线等服务渠道管理；承担税收信用体系建设；组织办理纳税服务投诉；落实涉税专业服务监管政策及制度，统筹协调社会化纳税服务。
征收管理科
主要职能：组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作；组织落实信息化规划、方案和制度，实施本系统信息化建设、考核评价和验收工作；承担税务行业标准和业务需求管理；承担信息化立项和预算管理。
税收经济分析科
主要职能：组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；组织开展税收政策效应分析，跟踪评估减免税等政策实施效果；统筹和指导本系统税收经济分析工作。
财务管理科
主要职能：组织实施预决算管理、经费收支、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等工作。
督察内审科
主要职能：承担本系统内部控制工作的组织、管理和监督；组织实施税收执法督察，开展对社会保险费和有关非税收入的执法督察；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计。
组织人事科
主要职能：组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设；承担人事、机构编制、公务员管理、干部考核、劳动工资等工作。拟订并组织实施干部培训、学历教育管理制度、工作规划、年度计划；指导、检查本系统教育培训工作。指导系统党的组织建设、党员队伍建设等工作。
考核考评科
主要职能：组织实施绩效考评工作；组织开展数字人事推行工作，承担数字人事日常管理；开展其他考核考评工作。
党建工作科
主要职能：统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策；统筹本系统思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；组织和指导系统巡察工作。
机关党委
主要职能：承担机关和派出机构党群工作。
老干部科
主要职能：承担机关老干部工作，指导系统老干部工作。
党委纪检组
主要职能：负责机关和派出机构党的纪律检查工作，指导系统党的纪律检查工作。